这个时期，学校在社会上有了一定的影响，不断有外事活动。 1960 年 12 月，参加北京四国渔业会议的外宾来校参观； 1961 年至 1962 年，学校先后接待了上海水产学院海洋养殖三年级越南留学生来校实习； 1961 年 6 月，日本、马来西亚、澳大利亚共产党代表团一行 5 人来校参观。

        基建工作和实习基地建设有了一定发展。 1960 年省水产局调拨给学校的红专 1 、 2 号实习渔轮投产使用， 1961 年 4 月，出海捕鱼 3 万斤。金州、南关岭淡水养殖试验场初具规模；贝藻类海养场、小型水产品加工厂、实习工厂都获得一定的经济效益。 1961 年 4 月，在金州三十里堡大房身村，建了一座农场。
        1963 年 10 月，学校更名为大连水产专科学校（校名由郭沫若同志亲自题写），归属国家水产部领导，对学校进行了调整，确定发展规模为 450-600 名学生。专业设置为：海洋捕捞、淡水养殖、轮机管理 3 个专业，学制三年。成立了基础科，撤销了中专部，在校生 577 名，有教职员工 231 名，其中教师 76 名。

        1965 年 1 月，市委根据中共中央《 23 条》的规定和教育部 1606 号文件精神，派社教工作队进校开展社会主义教育运动。 4 月，学校领导班子成员开始洗澡下楼。同时，中央水产部和市委派 14 人组成四清工作队，在校开展四清运动。截止 1966 年 5 月为止，大连水产专科学校已初具规模，养殖、海洋渔业、轮机管理 3 个专业有一定的基础和水平，并设有基础教学部、马列主义教研室。当时在校生 406 人，教职员工 250 人。
 
        1966 年 6 月至 1976 年 10 月，文化大革命十年动乱期间，学校党、政组织瘫痪，教学工作完全停止，不上课、不招生长达 6 年之久。冤假错案使教师、干部身心受到迫害和摧残，学校财产也遭到严重破坏。并且实行开门办学学朝农社来社去，解散了基础部，打乱了正常的教学秩序。 1972 年 3 月，学校恢复招生，设海洋捕捞、淡水渔业、轮机管理三个专业，学制为二年。当年在东三省及新疆、河北、北京、天津等地招收首批 155 名工农兵学员入学。同时，举办了轮机管理、海洋捕捞、船电、船体、航海等短训班。编写了 25 种教材，出版了 3 本科技丛书，使学校出现了新的办学气氛。但是，两个基本估计的精神枷锁仍扣在知识分子头上，视教师为被改造对象。劳动过多，运动频繁，工农兵学员文化程度参差不齐，教学质量严重下降。

1975 年 6 月，实行所校合并，即大连水产专科学校、辽宁省海洋水产研究所、旅大水产学校三个单位合并成立了旅大水产专科学校，新学校归属旅大市革命委员会农业组领导。 1977 年 6 月，旅大水产专科学校解体， 8 月，恢复了大连水产专科学校，由省、市双重领导，以省为主。

        1978 年 10 月，经国务院批准，大连水产专科学校升格为本科院校，定名大连水产学院，改由国家水产总局和辽宁省双重领导，以国家水产总局为主。 1980 年划归中央农牧渔业部国家水产总局直属。规定学校主要面向大区，兼顾全国招生。专业设置维持现状，学制为四年。 1979 年 12 月，辽宁省委批准学校为地、师级单位。 1978 年 11 月，省委派杨九成、林承栋来校，分别担任党委书记、院长。   

        1979 年对学校机构进行了调整。党委设有：组织部、宣传部、工会、团委、人民武装部、保卫科；行政设有：办公室、教务处、科研处、人事处、总务处、实习生产处、图书馆；教学机构有：渔机系、海洋渔业系、养殖系、基础部、马列主义教研室。后增设了渔港工程系，设置渔港建筑专业。同年学校有两项科研成果，获全国科学大会表奖。
        1981 年，学校被批准为首批授予学士学位高等院校。从 80 年至 89 年，学校
进行专业设置与调整，将轮机管理专业改为渔业机械专业；渔业电子专业改为应用电子技术专业；渔船设计与制造专业改为渔船修理与制造专业；将淡水渔业管理专业改为渔业管理专业；海洋捕捞专业改为海洋渔业专业；渔业机械专业改为机械设计与制造专业；渔港建筑专业改为港口及航道工程专业；将航海专业改为航海驾驶专业；将水产品加工专业改为食品工程专业。同时陆续恢复和新建了一批专科专业。如：淡水渔业、海洋捕捞、渔船设计与制造、水产品加工、淡水渔业管理、航海等 12 个专科专业，学制为二年。工业与民用建筑专业学制为三年。 1981 年 10 月，对学校领导班子进行充实调整，派郭维治同志来校任党委副书记，主持党委工作。文干副院长主持院行政工作。 1983 年 10 月，文干同志由国务院任命为大连水产学院院长， 1984 年 6 月，吴进才同志由农业部水产局任命为院党委书记。
        为了加强教学管理工作， 1983 年 12 月经院长办公会议讨论通过了《大连水产学院教学组织管理暂行条例》。 1985 年 3 月，对教学领导干部听课又作了专门规定。 1986 年 7 月至 11 月学校分两次召开了教学工作会议。 1987 年，调整改组了部分教研室，精简了机构，加强了学科、师资和实验室建设，提高了人力、物力的利用效率。

        1986 年 7 月，国务院学位委员会批准水产养殖学科招收硕士研究生。同年 12 月，学校被批准为硕士学位授予权单位。 1987 年招收了第一届硕士研究生。

        1987 年 3 月，系统修订了各专业教学计划和教学大纲。本着减少必修课，压缩总学时，减轻学生负担的精神，调整了教学计划和教学内容，改革了课程结构，增设了二十余门选修课。根据教师队伍状况，提高对现有师资的培训，选送了 44 名教师到国内外进修。利用世界银行贷款购进了大批仪器设备，新建和改建了实验室。新建的气相色谱仪实验室和导航实验室相继用于教学，新建和扩建的两个语音室投入使用。

        科研工作比较活跃。 1987 年共承担 17 项科研任务，其中国家重点项目 12 项。《对虾养殖池塘增氧机》、《鱼虾养殖投饵装置》等 3 项研究成果通过了鉴定验收。《生物增氧技术的研究》获国家科技进步三等奖。积极参加国内外学术交流活动，发表 64 篇论文和编写了 7 本教材和专著。科研成果推广取得可喜成绩。学校先后与 30 个单位建立了横向联合体。《小钢壳渔轮建造规范》被农牧渔业部列为部颁标准。

        通过多种形式、多种途径为社会培养水产技术人才。 1979 年国家水产总局委托学校举办干部培训班，成立了专门干训班办公室。 1982 年 11 月，改为农牧渔业部水产干部培训班大连水产学院班。 1984 年 4 月，在干训班的基础上，成立中央农业管理干部学院大连水产学院分院，由党委副书记苗益坦同志兼分院院长。同年 9 月，举行首届淡水渔业干部专修科开学典礼。从 1980 年至 1995 年，举办多期不同类型的培训班、短训班、专修班及函授专业证书班，培训学员数千人。