1988 年，认真贯彻国家教委扩大会议精神，整顿秩序、健全制度、严格校纪，从严治校。重新修订和颁布了教学、人事和书籍管理等 13 个规章制度；提出了团结、勤奋、文明、求实的校风和勤奋、严谨的学风；把学生思想品德课列入教学计划；改进学生综合成绩分段计分办法的规定；实行毕业生分配供需见面；加强了民主办学建设；加强中层干部住校值班制度，设置校长信篇。全年编写教材 18 种 256 万字。学校体育代表队，在全国市级高校大学生比赛中共获七个第一名，其中破二项全国记录。组建了科技协会，开展学术活动和新技术推广工作。当年招收新生 395 名。

        1990 年学校承担的《渔船微机辅助设计》、《水下探鱼器》等 22 个科研项目，有 90% 按期完成了研究任务。小三毛金藻的防治等 4 个项目通过了技术鉴定。王子臣教授研究的魁蚶人工育苗技术获大连市科技进步一等获。广泛开展外事活动，全年先后接待了来自日本、苏联和南朝鲜等国外宾来校访问及讲学。
  
        1991 年积极落实国家教委坚持方向，稳定规模，优化结构，深化改革，改善条件，提高质量的发展方针。学校专业设置增加到 14 个，其中本科专业 8 个，专科专业 6 个。当年招生 376 名，其中本科生 210 名，专科生 160 名，研究生 6 名。教职员工 702 人，专职教师 280 人。同年 5 月，农业部任命刘焕亮同志担任大连水产学院院长。
 
        1992 年《船船工程》、《食品工程》、《工业与民用建筑》专业被批准晋升为本科专业。同时，增加了《贸易经济》等 4 个专科专业。当年招收新生 499 人，其中本科生 214 人，专科生 279 人，研究生 6 人。有 11 项科研项目通过鉴定验收，其中部级 3 项，省级 5 项。《池塘浮游生物的增殖利用》、《池塘养鱼高产技术应用基础理论》、《海带优良品种选育》等 6 个项目被评为国内领先水平。 2 项科研成果获农业部科技进步三等奖，同年成立了水产养殖研究所，成立了校产处和校产咨询委员会。 9 月，隆重而成功地举行了 40 周年校庆活动。建立《水产教育基金》，校友及有关单位捐款 43 万元。

        1994 年，学校领导班子进行了调整。农业部任命苗益坦同志担任党委书记，李鸿鸣同志担任院长。
 
          从 1993 年到 1996 年，学校初步进行了以转换机制、精简机构、优化队伍、提高效益为目的的校内管理体制改革，全面修订了各项教学计划，不断提高办学层次和水平，招生规模逐步扩大。 93 年招收本专科生 600 名，在校生 1480 余人； 94 年招收本专科生 652 名，在校生 1953 人； 96 年招收新生 597 名，在校生 2051 人。学校设 6 个系和一所中央农业干部管理学院分院，另设水产养殖研究所和渔业经济与社会发展研究所。 1994 年增设了捕捞学硕士点。 96 年水产养殖学科被评为省重点学科。全校共有 21 个专业， 2 个硕士点， 14 个实验室。 1996 年农业部批准学校建立部级海洋水产增养殖生态学重点开放实验室。
 
        1997 年有本专科生 2066 名，教职工 730 名，其中专任教师 285 名。学校共有 6 个系 24 个专业、 2 个硕士点。学校固定资产总值 4139 万元，其中教学仪器设备 1169 万元。新增科研项目 36 项，其中国家级大课题 4 项； 6 项科研项目通过专家鉴定验收。同年，与美国华盛顿大学海洋水产学院、日本东京水产大学和俄罗斯远东水产大学建立了友好校际关系，还与辽宁省大连海洋渔业集团公司建立了合作共建关系。农业部批准学校建综合实验楼一座，一期工程面积 7690 平方米。

        1998 年，学校有硕士研究生和本专科学生 2343 人，其中研究生 46 名，本科生 1663 名，专科生 634 名。专业教师 262 人，其中教授 22 人，副教授 82 人；教师中具有博士学位 7 人，硕士学位 63 人。同年 10 月，学校被辽宁省授予省普通高校文明校称号并获表彰。 11 月，顺利通过教育部组织的本科教学工作合格评价。

        1999 年，农业部批准学校新增本科专业有：轮机工程、水产贸易日语、市场营销，学制为四年。批准水产养殖学科为农业部重点学科，批准学校新建学生宿舍两栋和一栋职业教育楼，合计总建筑面积为 14000 平方米，基建拨款 400 万元。同年有 4 项科研项目分别获农业部、辽宁省、大连市科技进步奖。学校承担的国家 863 计划项目皱纹盘鲍多倍体育种技术研究， 12 月通过科技部验收。
         2000 年 2 月，大连水产学院由农业部隶属划归辽宁省管理。 12 月，原辽宁省农业工程学校 ( 瓦房店市 ) 并入学校，成立了大连水产学院职业技术学院。